针对永久基本农田转建设用地由国务院审批的结论，我们结合具体法律条文进行分析。
根据《中华人民共和国土地管理法》（2019年修订版）第四十四条规定：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。永久基本农田转为建设用地的，由国务院批准。” 永久基本农田是保障国家粮食安全的核心资源，法律对其转用审批设置了最高层级的权限。无论项目属于城镇规划内还是规划外，只要涉及永久基本农田转为建设用地，均需国务院直接批准，地方政府无权审批。因此，任何单位或个人欲将永久基本农田转为建设用地，必须依法向国务院提出申请并获得批准，否则转用行为违法。
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关于永久基本农田转建设用地的审批主体问题，直接回复如下。
永久基本农田转建设用地需由国务院批准。
1. 若仅涉及永久基本农田转建设用地，无论面积大小、项目类型，均需报国务院审批，地方政府无审批权限。
2. 若同时涉及永久基本农田以外的农用地转建设用地，永久基本农田部分仍需国务院批准，其余农用地部分按规定由国务院或省级政府审批。
3. 若项目位于土地利用总体规划确定的城镇建设用地规模范围内，永久基本农田转用仍需国务院单独批准，不适用批次审批简化流程。
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永久基本农田转建设用地过程中存在以下法律风险，需引起重视。
1. 非法占地的行政处罚风险：例如，某企业未经国务院批准，擅自将5亩永久基本农田改为厂房建设用地，自然资源部门查处后，对其处以每平方米30元罚款（共计100万元），并责令拆除厂房恢复耕地，企业不仅损失建设成本，还需承担罚款及恢复费用。
2. 刑事责任风险：若非法占用永久基本农田数量较大（如超过5亩），可能触犯《刑法》第三百四十二条，构成非法占用农用地罪，面临有期徒刑、拘役及罚金的处罚。例如，某开发商非法占用10亩永久基本农田建设商品房，最终被判处有期徒刑1年，并处罚金50万元。
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在永久基本农田转建设用地审批中，存在一些特殊情况会影响审批结果，需特别注意。
1. 国家重大建设项目的特殊流程：若项目属于国家能源、交通、水利等重大基础设施项目，且确实无法避让永久基本农田，国务院在审批时可能会优先考虑，但仍需严格审查项目必要性及耕地补充方案，审批流程虽有倾斜但标准不降低。
2. 耕地补充的特殊要求：即使获得国务院批准转用永久基本农田，也需按照“占一补一、质量相当”的原则补充同等数量和质量的耕地，若无法完成耕地补充，国务院可能不予批准，或要求项目暂停直至补充完成。
3. 规划调整的例外情形：若因国家战略调整需修改土地利用总体规划，涉及永久基本农田布局调整的，需先报国务院批准调整规划，再办理转用审批，规划调整与转用审批需分步进行，不可合并办理。

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